Βρίσκεται στο κέντρο της Θεσσαλονίκης, όπου λειτουργεί από το 1982 στο, ιστορικής σημασίας, νεοκλασικό κτίριο του διάσημου αρχιτέκτονα Τσίλερ, το οποίο αποτέλεσε επιτελικό κέντρο του Μακεδονικού Αγώνα κατά την περίοδο 1904-1908.
Το 1990, ο Γ. Ανεμογιάννης, ανταποκρινόμενος στο αίτημα του συλλόγου «Οι φίλοι του Μουσείου Μακεδονικού Αγώνα», συμβάλλει σημαντικά στη ριζική αναμόρφωσή του. Αν και οι χώροι του έχουν ανακαινιστεί εκ νέου από το 2009 με χρηματοδότηση του Επιχειρησιακού Προγράμματος «Πολιτισμός», αρκετά στοιχεία από τις επεμβάσεις του κρητικού σκηνογράφου διατηρούνται μέχρι σήμερα. Ανάμεσα σ' αυτά είναι και ένα πλήθος μικρών και μεγάλων διοραμάτων που φιλοτέχνησε ο ίδιος, με στιγμιότυπα του Μακεδονικού Αγώνα, τα οποία εξακολουθούν να εντυπωσιάζουν με τη ζωντάνια και την παραστατικότητά τους. Ιδιαίτερα ξεχωριστά είναι τα τέσσερα, φυσικού μεγέθους, διοράματα που εκτίθενται στο υπόγειο του κτιρίου. Επίσης, στο ισόγειο, όπου βρίσκεται η μόνιμη συλλογή, αν και έχει αλλάξει ο τρόπος παρουσίασης των εκθεμάτων, έχει διατηρηθεί η βασική δομή του εκθεσιακού χώρου, την οποία δημιούργησε ο Ανεμογιάννης προβάλλοντας σε ξεχωριστές ενότητες τις διαφορετικές φάσεις του Μακεδονικού αγώνα. Μάλιστα, σε μία από τις αίθουσές του, βρίσκεται μέχρι σήμερα η, επιμελημένη από τον ίδιο, σκηνογραφική αναπαράσταση του γραφείου του Προξένου Κορομηλά, επικεφαλής του Μακεδονικού Αγώνα.
Αξιοσημείωτο είναι, τέλος, ότι αν και στις αρχές του '90 επικρατούν ακόμα στην Ελλάδα συντηρητικές αντιλήψεις ως προς το μουσειακό θεσμό, ο Ανεμογιάννης, προσανατολισμένος σε πιο σύγχρονες μουσειολογικές προσεγγίσεις, αποβλέπει στη διαμόρφωση μουσειακού χώρου πρόσφορου για βιωματική περιήγηση. Ως σύγχρονος μουσειολόγος, λοιπόν, εισάγει εδώ νέες για την εποχή τεχνολογίες με οπτικοακοστικό υλικό, καθώς και διαδραστικές εφαρμογές που απαιτούν τη συμμετοχή του επισκέπτη, άγνωστες πρακτικές μέχρι τότε για τα περισσότερα ελληνικά μουσεία.